หมู่เกาะสุรินทร์มีสภาพที่กำบังคลื่นลมทั้งสองฤดู เนื่องจากเกาะวางตัวอยู่เป็นกลุ่มและมีอ่าวขนาดใหญ่ ทำให้เกิดแนวปะการังริมฝั่งอยู่รอบเกาะสุรินทร์เหนือ เกาะสุรินทร์ใต้ และเกาะบริวาร นอกเหนือจากการรับอิทธิพลจากคลื่นลม สภาพแวดล้อมทางสมุทรศาสตร์ของบริเวณหมู่เกาะเหล่านี้อเป็นสภาพแวดล้อมที่ เหมาะต่อการพัฒนาของแนวปะการัง คือ น้ำใส อุณหภูมิพอเหมาะ และมีการผสมผสานของน้ำที่ได้รับสารอาหารจากมวลน้ำเบื้องล่างที่ปะทะเกาะ ความอุดมสมบูรณ์ของแพลงก์ตอน ซึ่งเป็นอาหารสำหรับปลาและสัตว์อื่นๆ ปัจจัยทางสมุทรศาสตร์ที่สำคัญอีกประการหนึ่งคือ ลักษณะของน้ำขึ้นน้ำลงในทะเลอันดามัน ซึ่งเป็นแบบ Semidiurnal คือ น้ำขึ้นและน้ำลงอย่างละ 2 ครั้ง ใน 24 ชั่วโมง และความแตกต่างระหว่างน้ำขึ้นสูงสุดและต่ำสุดอาจถึง 3 เมตร ทำให้มีกระแสน้ำเลียบฝั่งค่อนข้างแรง

แนวปะการังที่พบทั่วไปที่หมู่เกาะสุรินทร์ เป็นแนวปะการังริมฝั่ง หรือที่เรียกกันว่า fringing reef ปะการังที่พบได้มากได้แก่ ปะการังดอกกะหล่ำ ปะการังเขากวาง ปะการังโขดหรือปะการังนิ้วมือ ปะการังดอกเห็ด ปะการังกาแล็กซี่ ปะการังแผ่นเปลวไฟหรือปะการังดอกจอก ปะการังสมอง ปะการังจาน ปะการังไฟ ดอกไม้ทะเล ปะการังอ่อน กัลปังหา และปากกาทะเล เป็นต้น