หมู่เกาะสุรินทร์มีสภาพที่กำบังคลื่นลมทั้งสองฤดู เนื่องจากเกาะวางตัวอยู่เป็นกลุ่มและมีอ่าวขนาดใหญ่ ทำให้เกิดแนวปะการังริมฝั่งอยู่รอบเกาะสุรินทร์เหนือ เกาะสุรินทร์ใต้ และเกาะบริวาร นอกเหนือจากการรับอิทธิพลจากคลื่นลม สภาพแวดล้อมทางสมุทรศาสตร์ของบริเวณหมู่เกาะเหล่านี้อเป็นสภาพแวดล้อมที่ เหมาะต่อการพัฒนาของแนวปะการัง คือ น้ำใส อุณหภูมิพอเหมาะ และมีการผสมผสานของน้ำที่ได้รับสารอาหารจากมวลน้ำเบื้องล่างที่ปะทะเกาะ ความอุดมสมบูรณ์ของแพลงก์ตอน ซึ่งเป็นอาหารสำหรับปลาและสัตว์อื่นๆ ปัจจัยทางสมุทรศาสตร์ที่สำคัญอีกประการหนึ่งคือ ลักษณะของน้ำขึ้นน้ำลงในทะเลอันดามัน ซึ่งเป็นแบบ Semidiurnal คือ น้ำขึ้นและน้ำลงอย่างละ 2 ครั้ง ใน 24 ชั่วโมง และความแตกต่างระหว่างน้ำขึ้นสูงสุดและต่ำสุดอาจถึง 3 เมตร ทำให้มีกระแสน้ำเลียบฝั่งค่อนข้างแรง

เกาะสุรินทร์เหนือ และเกาะสุรินทร์ใต้ ตั้งอยู่ชิดกันคล้ายเกาะแฝด โดยมีพื้นน้ำตื้นๆ กว้างประมาณ 200 เมตร กั้นอยู่ ในช่วงน้ำลงสามารถข้ามไปยังอีกเกาะได้ เรียกว่า อ่าวช่องขาด ส่วนเกาะขนาดเล็กอีกสามเกาะเป็นเกาะหินที่มีต้นไม้แคระแกร็นขึ้นอยู่ไม่หนา แน่นนัก พืชพรรณที่พบเป็นพืชป่าดิบชื้น เป็นแหล่งกำเนิดของแนวปะการังน้ำตื้นขนาดใหญ่และสมบูรณ์ที่สุดแห่งหนึ่งของ ประเทศไทย